文部科学省科研費重点領域研究「人文科学とコンピュータ」（平成７年度〜１０年度）におけるデータベース研究グループを中心として、公開シンポジウム「人文科学とデータベース」が当該研究期間中に４回開催されました。この重点領域研究の終了にあたって、人文科学におけるデータベース関連研究が今後さらに重要度を増していくとの認識のもとに、研究者の交流拡大とシンポジウムの継続的な開催をめざして大学間の連絡協議会をつくろうということになりました。この結果、平成１１年５月２９日、大阪市において人文系データベース協議会の発足準備会が開催されました。以後、本協議会は毎年１回定期的に開催され現在に至っています。